麦客接到新联络员传达的上峰指示，命他尽快启程去重庆接受甄别，并治疗毒瘾。走前，他安排人调查雷大烟以及与雷大烟往来的走私商人，因为近期国统区有一些人死于毒品，上头勒令彻查源头。
雷大烟向娄方跃借水路走私毒品，他则帮娄方跃摆脱日特的追踪，二人一拍即合，娄方跃就此走上贩卖毒品的不归路。暂时平安的娄方跃找到临时据点，正逢麦客要回重庆，与大伙一一告别。麦客故意在娄方跃面前提及国统区出现毒品，见娄方跃脸色有变，知道他与此事必逃不了干系。
队员们都很舍不得麦客离开，尤其是蓝莲与红叶。蓝莲敢爱敢恨，话虽毒情却深，麦客心里明白，面上却只能装糊涂。走前，麦客与红叶单独话别，既作为教官教导红叶不要太过善良要记得自己是一名特工，又作为大当家命令红叶着手去查雷大烟，并要她小心娄方跃，调查一事尽可能保密。两人心中互相不舍，嘴上却不敢点破，将对彼此的感情深深埋在心底。
红叶托蓝莲带队休整，自己女扮男装只身前往雷大烟烟馆做卧底。红叶扮作亡命之徒，寡言少语但身手矫健，颇得雷大烟和他干女儿雷芙蓉的赏识。在一次出手救下雷大烟性命后，红叶彻底得到雷大烟的信任，离她深入调查毒品一案又进了一步。
幽灵行动队第28集剧情介绍雷大烟暗中调查了红叶的身世，得知红叶即赌钱又赌命还是个十足的大烟腔，觉得红叶是个可以利用的亡命之徒，放心让芙蓉带着红叶去码头交易点出货。红叶发现前来交易货品的是藤原薰子和其手下，便借故烟瘾发作，芙蓉无奈，只得带着手下去和薰子交易。
雷大烟让雷芙蓉盯紧娄方跃这个滑头主顾，以免生意黄了，红叶悄悄跟随芙蓉前往娄方跃常去的李姑娘处，看看雷大烟口中的神秘大主顾到底是谁，不想竟是娄方跃，红叶一阵惊诧，心中对娄方跃产生了怀疑。
娄方跃的本事和能耐引起了藤原薰子的注意，藤原薰子许诺给雷大烟新货的同时，向雷大烟挑明要见一见这个能人，雷芙蓉去武道馆取新货样品，红叶跟随，并计下武道馆周边地形，她直觉，这个武道馆很有可能是制毒窝点。
红叶向队员们传递新情报，娄方跃也匆匆赶回。
幽灵行动队第29集剧情介绍红叶话里话外试探娄方跃，娄方跃不显山露水，让红叶不敢确定娄方跃的动机。红叶只得将对娄方跃的疑虑告诉蓝莲，让蓝莲堤防娄方跃并警惕众队员的安全。娄方跃也查觉到红叶对自己的态度有所变化，小人烦恼之心唯有在李姑娘处得到消解。为免遭人怀疑，迟回大烟堂的红叶装作烟瘾又犯，受到芙蓉手下的羞辱，对红叶青睐有加的芙蓉替红叶出了一口恶心并送给红叶一块金表以表心意。
雷大烟向娄方跃传达了藤原薰子想见他的意思，娄方跃急忙拒绝，他感到事情越来越不妙，自己不但上了贼船，且骑虎难下，一方面重庆上头催讨红丸假公济私，一方面已被藤原薰子盯住，另一方面，红叶有意无意的问话让娄方跃感觉到自己的队员已经对自己产生了怀疑。
芙蓉替红叶留取了上好的红丸样品，以备红叶犯烟瘾时用，红叶正好取得了新样品交给海仁杰，希望海仁杰配合查处毒品走私案，海仁杰答应只要红叶有了具体的交易时间和地点，他一定全力相助。红叶担心海仁杰缺乏临场对战经验，让蓝莲随时准备配合海仁杰行动。
雷芙蓉临时出发带领红叶前去交易毒品，红叶分身无术，急找借口电话通知海仁杰。
幽灵行动队第30集剧情介绍海仁杰得讯往交易地点赶。红叶万没想到与自己交易的竟然真的是娄方跃。面对红叶质疑的眼神，娄方跃心虚之至，虚以应对，两方人马正在交易中，海仁杰赶到，短兵相间，娄方跃趁乱逃跑，红叶紧追质问，两人的对话被紧随而至的芙蓉听到，芙蓉没想到自己信任的红叶竟然是军统派来查交易的卧底，娄方跃看出芙蓉喜欢红叶，道出红叶更是女儿身的真相，芙蓉大受刺激。娄方跃趁机朝红叶放黑枪以图灭口，被红叶躲开，站在红叶身后的雷芙蓉中枪倒地。
娄方跃诬蔑栽赃红叶杀了雷芙蓉，带着蜂拥而上的黑帮上下打手踏上了追杀红叶之路。
娄方跃打死了雷芙蓉，将罪名推给红叶，并使计让雷大烟误以为红叶便是杀害雷芙蓉的凶手，集合帮中手下，到处发布红叶画像，撒下天罗地网抓捕红叶，誓要红叶为芙蓉陪葬。红叶身负重伤，撞进一家药房抢出药品逃亡，到僻静处自己疗伤，但行动不便，无法及时赶往队员基地，将自己发现的惊天秘密告知队友。娄方跃自知红叶识破自己的身份，欲借雷大烟、马队长等各方势力杀红叶灭口，红叶被多方势力追击，险象环生，辗转逃亡，情形十分危急。此时幽灵队被4、5个特务总队的人控制行动，娄方跃声称奉上峰指令，调查红叶与烟馆黑帮暗地勾结，从事苟且交易的事。蓝莲认出这帮人正是特训时残忍审讯她们的那些特务。