王怀远带着虎旗军离开了金水城，在赵化民的劝慰下，耐下心慢慢的改造虎旗军。虎旗军正式加入到游击队，与原卧龙山游击队组成卧龙山游击支队。但是一直都存在着矛盾，虎旗军的懒散，易怒，无组织无纪律等，都让游击队的人看不惯。侯七等人也自视武艺高强看不上游击队。
国共合作期间，宋文清也暗度陈仓，偷袭出来寻找食物的谷子跟大片刀等人，还抢了虎旗军的战利品。王怀远非常气愤，不顾田麦穗和赵化民的反对，执意进攻了宋文清的队伍，宋文清跑掉了大片刀杀了一位国民党副团长。战斗中，虎旗军俘虏了王涌泉，王怀远看到儿子跟了敌人，异常气愤又难过，但是又无可奈何，众人都劝王涌泉回头，但是王涌泉已经认定要跟着宋文清说国军才是正规军，侯七不忍王涌泉受罪，偷偷的放了王涌泉。
虎旗军跟游击队因为这次偷袭彻底闹翻，他也不满上级对他的处分，带着虎旗军独自离开了。而马上，赵化民就得到消息，佐藤俊二已经开始了疯狂的扫荡，主要的目标就是王怀远的虎旗军。佐藤俊二跟田德贵要围攻王怀远跟虎旗军，把虎旗军围困在断虎峡，刁四去找宋文清，让他从后面断了王怀远的后路，宋文清答应。
王怀远带着队伍赶路，田麦穗不放心王怀远，一路追来，希望劝回他们，但是王怀远执意不回，因为不熟悉地形，侯七找来一个当地老乡当向导，殊不知这个老乡就是田德贵派去的特务，特务将虎旗军引入断虎峡，谷子与丁五接头带消息赶来，王怀远才猛然醒悟，让田麦穗跟谷子前往小刘庄保护伤员跟家眷，虎旗军在断虎峡跟田德贵苦战，派侯七向国民党军队请求援助。
刁四带人到小刘庄抓虎旗军的伤员跟家眷，长大牙带着银杏跟小芹菜逃走时，刁四已经围住村子，众人暂时躲在地窖内，但是刁四为了逼出他们，残忍的杀害村民，强奸妇女，还杀死了小芹菜的爹张疙瘩。
神医名将第28集剧情介绍常大牙不甘忍辱偷生，挺身而出，英勇牺牲。刁四残忍的杀害了不肯供出游击队的乡亲们。
侯七在不但没有请来国民党部队的援兵，还碰了一鼻子灰，回去的路上碰见了赵化民，告知了虎旗军的危险处境。
虎旗军被围困在断虎峡，没粮没水，赵化民带着游击队在断崖顶上下绳索，救出王怀远跟虎旗军，王怀远非常感激。同时，认清了国民党跟共产党的不同，安心归附共产党抗日。收编为鲁南军区卧龙山军分区独立大队，王怀远任二大队长，但是他极其不满居功自傲的一大队长廖廷荣，几次与他起冲突。侯七、虫草和大片刀极为厌恶廖廷荣，也不满游击队艰苦的伙食，想要杀了廖的狼狗吃，王怀远虽然知道，但是没有制止。
侯七等人就要杀狼狗时，廖廷荣及时赶到，抓着他们去找王怀远问责，王怀远狡辩，赵化民也有意偏袒王怀远，廖非常不满。田麦穗身为教导员也及时的提出二大队人的一些纪律问题。
通过田麦穗的帮助银杏参加了医疗队，但是面对侯七的求爱，因为自己的经历银杏再次拒绝。
王怀远跟廖廷荣进行一场立功竞赛，看谁先拿下据点。
神医名将第29集剧情介绍王怀远为拿下豹头寨广散英雄帖，丁五、满天红从中牵线，借助当地积极抗日分子苗铁胆的青帮势力，联合起来一起攻打金水城。廖廷荣不满都是土匪的做法，与王怀远对着干，半路绑了苗铁胆，使苗铁胆跟王怀远闹翻。王怀远不服，要收拾廖廷荣，被田麦穗阻止。
侯七偷了苗铁胆身上的青帮信物，以青帮身份混上豹头寨说服占领豹头寨的伪军贾贵发。王涌泉也赶到金水跟宋文清汇合，也想拉拢当地的青帮势力。就在侯七说服贾贵发准备离开时，正好遇到王涌泉也来说服贾贵发，后期说服了涌泉在日军面前先放下个人利益，众人一起击溃了豹头寨上驻守的日军。
佐藤和田大棒子得到消息赶往豹头寨支援，王怀远自制了一批中药炸弹，埋伏在日军行军途中，令日军中弹后奇痒难忍，大败而退。侯七为了保护银杏，中了日军的手榴弹，身负重伤。
日军伤亡惨重。但阴雨天气药品紧缺，八路军的伤员也同样面临伤势感染，药品紧缺的问题。